En la actualidad, solo se conoce una docena de khipus completos pertenecientes a esta cultura. La mayor parte de ellos provienen de sitios arqueológicos huaqueados, habiéndose recuperado contextos intactos solo en Huaca San Marcos, Pampa Blanca y Castillo de Huarmey, además de dos posibles fragmentos de khipus en Cerro de Oro y Huaca Malena. Todos estos khipus datan en torno al año 880 d. C., en pleno auge del Imperio Wari.

Los khipus Wari presentan una cuerda principal de la cual se desprenden cuerdas secundarias y sus respectivas cuerdas subsidiarias, siempre fijadas con nudos. La cuerda principal inicia con un lazo y termina con una cola. Todos los ejemplares presentan un marcado contraste con los quipus incaicos: son más coloridos, presentan cuerdas subsidiarias entorchadas con hilos de colores (blanco, negro, dorado, azul, rojo, verde, marrón) y sus nudos son simples, dobles, triples o entorchados

La ausencia de información documental impide conocer el sistema numérico Wari a diferencia del sistema decimal incaico. Sin embargo, estudios preliminares proponen que algunos khipus Wari presentaban información narrativa. Si bien las investigaciones sobre khipus Wari están en su etapa inicial, nuevos estudios pueden ayudar a reconstruir este sistema de registro que sería retomado por los incas 500 años después.